Հատուկ վտանգավոր ախտածինների ռեֆերենս լաբորատորիան, լինելով միակը ՀՀ-ում, իրականացնում է լաբորատոր փորձարկումներ ըստ հետևյալ կառուցվածքային ուղղությունների.

1. Ախտանատոմիական հետազոտությունների բաժին

Լաբորատորիա բերված բոլոր տեսակի նմուշների ընդունում, կենդանիների (ընտանի կամ ազատ գոյատևող կաթնասունների, թռչունների, երկկենցաղների, սողունների, ձկների, կակղամորթների, խեցգետնակերպերի, խխունջների, միջատների և այլ ողնաշարավոր ու անողնաշարավոր կենդանիների) դիահերձում, զննում, նախնական ախտորոշում, նմուշառում, բոլոր տեսակի նմուշների առաջնային մշակում, նախապատրաստում և ուղղորդում համապատասխան բաժիններ վերջնական ախտորոշման: Հյուսվածքաբանական եղանակով  ախտորոշումների իրականացում:

2. Ինֆեկցիոն և ինվազիոն հիվանդությունների բաժին

Կենդանիների (ընտանի կամ ազատ գոյատևող կաթնասունների, թռչունների, երկկենցաղների, սողունների, ձկների, կակղամորթների, խեցգետնակերպերի, խխունջների, միջատների և այլ ողնաշարավոր ու անողնաշարավոր կենդանիների) մանրէաբանական, վիրուսային, ինվազիոն ծագման հիվանդությունների (նաև հատուկ վտանգավոր, զոոնոզ) ախտորոշում, բջջային կուլտուրաների պատրաստում:

3. Իմունոլոգիական հետազոտությունների բաժին

Իմունաշճաբանական մեթոդներով և մոլեկուլյար հետազոտություններով (ՊՇՌ) կենդանիների (ընտանի կամ ազատ գոյատևող կաթնասունների, թռչունների, երկկենցաղների, սողունների, ձկների, կակղամորթների, խեցգետնակերպերի, խխունջների, միջատների և այլ ողնաշարավոր ու անողնաշարավոր կենդանիների) հիվանդությունների ախտորոշում, հետպատվաստային վարակամերժության ստուգում:

Բոլոր աշխատանքներն իրականացվում են համաձայն Կենդանիների Առողջության Համաշխարհային կազմակերպության (OIE) կողմից հաստատված ախտորոշման մեթոդների:

Լաբորատորիայի նյութատեխնիկական բազան` ներառյալ նաև շենքային պայմանները, 2016թ.-ից համալրվել է Հատուկ վտանգավոր ախտածինների ռեֆերենս լաբորատորիայով: Վերջինս կառուցվել է 2014-2016 թվականներին ԱՄՆ Պաշտպանության դեպարտամենտի պաշտպանական վտանգների նվազեցման գործակալության ֆինանսական և մասնագիտական աջակցությամբ: Լաբորատորիան հանդիսանում է մեր Հանրապետությունում անասնաբուժության ոլորտում միակ ռեֆերենս լաբորատորիան:

Լաբորատորիան կառուցված, կահավորված և հագեցված է նմանատիպ կառույցների նկատմամբ սահմանված միջազգային նորմերի բոլոր պահանջներին համապատասխան:

Կառույցում առկա են անհրաժեշտ բոլոր ենթակառուցվածքներն ու օժանդակ բաժինները, որոնք հնարավորություն են տալիս իրականացնել լաբորատորիայի անխափան և անվտանգ (նաև կենսանվտանգության և կենսապահովության տեսանկյունից) աշխատանքը:  Հատուկ վտանգավոր ախտածինների ռեֆերենս լաբորատորիան հագեցած է ճշտգրիտ և անվտանգ (նաև կենսանվտանգության և կենսապահովության տեսանկյունից) աշխատանքի համար անհրաժեշտ նորագույն սարք սարքավորումներով, ախտորոշիչ նյութերով և հավաքածուներով:

Իրականացվել և շարունակական բնույթ են կրում մասնագիտական անձնակազմի վերապատրաստումները միջազգային տարբեր կազմակերպությունների կողմից` նորագույն տեխնիկական միջոցների շահագործման և միջազգայնորեն ընդունելի նորագույն մեթոդներին ծանոթացնելու նպատակով: Լաբորատորիան միջազգային հեղինակավոր գիտական կենտրոններին անդամակցության շնորհիվ ապահովում է նաև մասնակցություն միջլաբորատոր համեմատական փորձարկումներին (PT):